Dentro do processo produtivo da Nautos existe um setor que gera efluente nocivo ao meio ambiente, que são os tambores de vibro acabamento e a linha de banhos do processo de anodização. Os resíduos são compostos por: areia, resina, corante, uréia, alumínio, inox e sabão, e estão classificados na Classe I, que é considerado perigoso. Os resíduos saem das máquinas e vão para uma estação de tratamento da água, passando por um processo de decantação. O lodo gerado vai para o leito de secagem isolado do solo que fica exposto para secagem com a energia solar. Depois de seco é recolhido e armazenado para coleta e transporte para aterro da empresa Pro Ambiente. O transporte é feito por transportadora autorizada pela FEPAM.

A empresa conta com assessoria externa que é responsável pela documentação, liberação da documentação e averiguação dos processos.